Ryo Saeba jest City Hunterem, prywatnym detektywem w Tokio. Wraz ze swoją partnerką Kaori Makimurą zostają wynajęci przez aktorkę Emi Makaze, aby odnaleźć jej zaginionego brata. Okazuje się jednak, że jej brat to "Professor", były żołnierz, który planuje zniszczyć Shinjuku, dzielnicę Tokio. Kaori dostaje za zadanie chronić Emi, niestety obydwie zostają wciągnięte w plan "Professora". Tylko City Hunter może je uratować i nie dopuścić do zniszczenia miasta.